在此后的几千年中，中医在医学领域“一枝独秀”。春秋战国时期中医理论已经基本形成，出现了解剖和医学分科，已经采用“四诊”，治疗法有砭石、针刺、汤药、艾灸、导引、布气、祝由等。
西汉时期，开始用阴阳五行解释人体生理，出现了“医工、金针、铜钥匙”等。东汉著名医学家张仲景，他已经对“八纲”阴阳、表里、虚实、寒热有所认识，总结了“八法”。
华佗则以精通外科手术和麻醉名闻天下，还创立了健身体操“五禽戏”。唐代孙思邈总结前人的理论、经验，收集5000多个药方，并采用辨证治疗，因医德高，被人尊为“药王”。
唐朝以后，中国医学理论和著作大量外传到高丽、倭国、中亚、西亚等地。两宋时期，大宋朝廷设立翰林医学院，医学分科接近完备，并且统一了中国针灸由于传抄引起的穴位紊乱，出版图经。
金元以后，中医开始没落。明清出现了温病派时方派，逐步取代了经方派中医。在明朝后期成书的李时珍的本草纲目标志着中药药理学的另一高峰。
只可惜，自清朝末年之后，华夏受西方列强的侵略，国运衰弱。同时西方思想和现代医学西医大量涌入，严重冲击了中医发展历程。