许多城镇都是因漕运兴盛而兴盛，而许多城镇的衰落也无不是因漕运的衰落使然。这种漕运和城镇之间一荣俱荣、一损俱损的依存关系，正说明了运河漕运经济在古代社会发展进程中的重要性。
自秦汉以来，历代都设置了管理机构和在职官员。西汉定都长安后，每年需从关东运输大量谷物以满足关中地区的各方面的漕运需求，转漕逐渐制度化。汉初时期，每年漕粮运量为几十万石。汉武帝刘彻登基初年，增加到了一百多万石。
三十年后，到了汉武帝元封元年，漕运一度增加到每年六百万石，漕运用卒达六万人。由各地护漕都尉管理，沿途县令也要兼领漕事，以保护漕运的畅通和安全。
到了唐宋时期，漕运管理制度有了进一步的发展。唐太宗贞观六年，朝廷设“舟楫署”管理漕政。唐朝中期以后，因漕运日益繁重，朝廷常令宰臣兼转运使等职，主管漕政。为了增加漕运能力，唐朝实行了“十船为纲，武官押运”的纲运制度和相应奖惩制度，并责成地方主要官员分工负责，后来又进一步明确了由沿河县令主持所在地段漕运事宜。运为辅的方式，确保军用物资及时地运到抗金前线的军营。
进入京杭大运河时代的元明清三朝，朝廷的管理制度和管理系统日