那是一段很久远的，发生在方舟三号逃离毁灭的命运，地球观测到星变之前的故事。
公元2500年，二十六世纪末的银河系，正式被划分为了十二个星区，星区分别属于绚都、浮城、银河帝国、星际联邦，以及星际海盗和赏金猎人。
绚都由能够掌控星系能源的疯狂科学家组成，之所以疯狂，是因为他们为了完成实验不择手段，被绚都控制的星区，都是试验场，绚都在整个银河系中，没有组织是其对手。
浮城则是由信守人道主义精神的科学家组成，为了对抗绚都，他们打算造出能够毁灭星系的战争装置。
银河帝国处于银河之心，虽说是帝国，其实已经没有了威信，成为了绚都的附属组织。
星际联邦则是起源星系太阳系的中立组织，他们守护着已经空心化的地球，巡逻整个银河系，等待地球环境恢复。
星际海盗与赏金猎人都是自由者，他们虽然有着固定的聚集地，却是彻彻底底的自由人，不为任何一方工作。
彼时的使者，隶属于绚都的海瑟机关，负责所有“琥珀计划”中超级战士的实验记录。
不知从何时起，为了取得更精确的实验结果，绚都将处于幼儿时期的超级战士