地势走势而构建，坐向为坐西向东，南北展开，三大院分别自北向南排列，分别为北院、中院、南院，最南边为小侧院。
主体建筑的三大院一小院用花墙与外部隔离开来，花墙与三大院一小院之间间隔三米左右，形成一个通道，以中院为客栈正前门，进入正门向北为北院，向南为南院及小侧院。
附楼通过花墙北边的通道进入，附楼为客栈的餐厅，会议厅，娱乐场所等专供客人休闲之用。
“莲舍客栈”主体建筑风格传承了西南白族民居的风格，起用“三坊一照壁，四合五天井”理念改变而来，建筑材料以石、木为主，石材为地基用材，地基以上建筑均以木材为主，其中北院门窗以镂空雕刻梅、兰、竹、菊为主格调，正院门窗以镂空雕刻芙蓉为主格调，南院门窗以镂空雕刻仙鹤为主格调。
正院一楼为客栈的正前门，中厅为客栈的总服务厅，正、南、北三均院为一正房两厢房，前有照壁，为标准的三房一照壁的布局。
正院影壁上雕刻着一株金莲，以金莲表示莲花至清至纯，藏传佛教认为莲花象征着最终的目标，即修成正果，所以正院以金莲雕刻在影壁之上。
南院影壁上雕刻着吉祥结，北院影壁上雕刻着一对宝瓶，象征