隶属四川等处行中书省广元路保宁府剑州（至元二十年降隆庆府为剑州）。元至正二十一年（公元1361年）农民起义军红巾军南路领袖明玉珍率军从武昌出发，经长江入蜀，旋即占领全川，建国大夏，定都重庆，改元天统。梓潼县仍置，隶属保宁府（府治后世的阆中）剑州。
明朝时，梓潼县隶属四川承宣布政使司保宁府（治阆中）剑州。明末，崇祯十年（公元1637年），农民起义领袖李自成率军入川，攻占梓潼，置梓潼县，当年退出。崇祯十七年（公元1644年），农民起义领袖张献忠率军入蜀，攻占梓潼后，置梓潼县，隶属大西保宁府剑州。
清顺治三年（公元1646年），四川入*版图。梓潼县仍置，隶属大清保宁府剑州。清王朝于地方政区设置方面，实行道府州厅县三级制，以道辖府州，以府州辖厅县。梓潼县隶属川北道保宁府剑州。雍正五年（公元1727年），绵州从成都府划出，升为直隶州。省督即将梓潼县从保宁府划出，入隶绵州。
民国二年（公元1913年），袁世凯为推进恢复帝制，又按其“废省改道”计划，将全川划分为川西、上川南、下川南、川北、川东和边东、边西七道，废除府州厅。梓潼县隶属川西道（道治成都），民国三