年(1352年)七月，此时已经天下大乱的贼匪徐寿辉攻陷杭州。
而此时刚刚回到杭州的刘基屁股还没坐热，就收到了元朝朝廷的一份紧急公文。重新启用刘基，并官复原职，并且要求他协助当地政府镇压叛乱，尤其是处理当时方国珍为首的造反冒头分子。
在处理方国珍这个暴动分子的案子上，做为元朝绝对扛把子的左丞相帖里帖木儿提议政治诏安，以匡扶和金钱为手段，和平招募方国珍之乱党。
但是已经三上两下的刘基却坚决持反对意见，他认为现如今的天下之所以如此混乱，就是因为有诸如方国珍之类的乱党败类的存在，如果朝廷想要彻底解决这些乱党问题的话，就必须杀一儆百，派出大军武力镇压剿灭方国珍乱党，拿出杀手锏，暴力镇压方国珍，做出杀鸡儆猴的高压态势出来。
如果不对方国珍予以武力镇压的话，不足以形成足够战略威慑。
以后必然还会有更多类似于方国珍的人物出现，到时必然形成大患。
而做为主犯头目的方国珍也似乎是得到了风声，在已经逍遥过一阵，红极一时的时候，成为绝对网红人物的他在手里有钱任我逍遥的时候，生怕被镇压的方国珍很是识趣的斥以巨资贿赂当时的元朝官员