鄂氏取代她。顺治十五年新年刚过，顺治帝就以博尔济吉特氏皇后在化工太后有病期间“礼节疏阙”为由，停止了她的“中宫笺奏”只保留皇后位号和册宝，实际上等于停止了皇后的职权，后来皇太后知道了这件事，出面进行了干预，顺治帝被迫恢复了“中宫笺奏”。顺治帝的废后之意由于皇太后和董鄂氏皇贵妃的抵制和苦劝才没有实现。
博尔济吉特氏入宫不到七年，顺治皇帝就撒手人寰了，当时博尔济吉特氏芳龄刚二十一岁，便开始过上了寡居生活。康熙皇帝即位后，尊她为皇太后，先后五次给她恭上徽号，其徽号的全称是“仁宪恪顺诚惠纯淑端僖皇太后”。康熙帝的生母孝康章皇太后病逝时，康熙刚十岁。于是身为孝康章皇太后的博尔济吉特氏协助孝庄文太皇太后担负去培养教育康熙的重担。博尔济吉特氏把康熙当做自己亲生的儿子一样，倾注了自己全部的母爱，与康熙之间建立起了深厚的母子之情，虽非亲生，胜如亲生。在他们相处的半个多世纪时间中，康熙对孝康章皇太后极为孝顺恭敬，以养天下。玄烨到外地巡游时，多次奉孝康章皇太后同行。巡视江南、展谒祖陵、汤泉沐浴、塞外避暑、朝拜盛京。每次皇太后圣诞之日，玄烨总要隆重庆贺。康熙四十九年是皇太后七十大寿之年，正月十六日