继任教皇后，于1220年通令西欧各国教会建立宗教裁判所。教皇格列高利九世又重申前令，强调设置机构的重要，并任由其直接控制的托钵僧为裁判官，要求各主教予以协助。于是宗教裁判所在西欧天主教国家普遍成立。
僧侣裁判官主要由多明我派修士担任，也有少数方济各派僧团成员。最初裁判官巡回侦审。后来建立地区性的常伽利略在宗教裁判所设裁判所。裁判官掌握对本地区异端的搜查、审讯和判决大权。主教和世俗政权有协作、支持的责任，但无制约、干预的权力。异端包括不同于罗马正统教派的言行和思想。巫士亦被视为异端。不少反封建斗士、进步思想家、科学家、民间魔术师、术士皆为裁判所打击迫害的对象。异端罪的侦审秘密进行。控告人与见证人姓名保密。罪犯、恶棍乃至儿童，皆可作见证人。一经被控，绝难幸免。为被告作证、辩护。有被指控为异端的可能，因此无人敢为。被告如认罪并检举同伙，处理从宽。苦行、斋戒、离乡朝圣、在公开宗教仪式中受鞭打、胸前或身后缝缀黄色十字架受群众****等，皆属轻罚。对不认罪、不悔过者，刑讯逼供。从严定罪，处以徒刑或死刑。死刑多为火刑，交由世俗当
局执行。对被判死刑、徒刑者，财产没收归教会和