尔托尔多迪乔万尼的另一位徒弟彼得罗托里贾诺在一次争执中打中了米开朗基罗的鼻子，使得他破了相。后来所有米开朗基罗的画像中都体现了这一明显的面部缺陷。
1492年4月8日，洛伦佐美第奇离世。米开朗基罗的生活由此被改变，他离开了美第奇宫廷的保护，回到他父亲的居所。
接下来的几个月里，他雕刻了一件木製的十字苦像 (米开朗基罗)，作為给佛罗伦斯圣神教堂院长的礼物。
这座教堂允许米开朗基罗利用教堂医院的尸体进行解剖学研究。
1493年─1494年间，米开朗基罗购买了一大块大理石，将它雕成了比真人略大的赫丘利像。
雕像后来被送至法国，并在18世纪时遗失。1494年，一场大雪过后，洛伦佐美第奇的继承人皮耶罗二世德美第奇委託米开朗基罗用雪製作一件雕塑，米开朗基罗由此重返美第奇的宫廷。
同年，修士萨沃纳罗拉崛起，美第奇家族被逐出佛罗伦斯。在政治动荡结束前，米开朗基罗离开佛罗伦斯，先去了威尼斯，随后来到博洛尼亚。
在博洛尼亚，他被委任完成圣多明我大殿雕刻最后部分的几个小型人物雕像。1494年，佛罗伦斯的政治局势渐趋平静。