革职下狱，鲁迅兄弟则被安插到离城有三十多里的皇甫庄大舅父的家中避难。
周福清被判「斩监候」入狱8年，因此周家每年必须花费大笔资金，使周福清得以活命。家道开始衰落，同时其父亲周伯宜也重病在床，1896年病故。家庭的变故对鲁迅產生了深刻的影响。
童年的生活场景，百草园、咸亨酒店、外婆家一带的农村等地，成為后来鲁迅的两部集《吶喊》、《彷徨》和散文集《朝花夕拾》的重要素材来源。
鲁迅颇受进化论思想影响，爱读新思想的书，尤其是翻译的。
鲁迅在日本留学时的笔记，上有藤野先生的註解。
鲁迅与周作人、郭沫若、郁达夫等著名作家都為留学日本派。1902年，21岁的鲁迅赴日本，先入东京弘文学院学习日语，2年后（1904年赴仙台）进入仙台医学专门学校（1912年改制东北大学医学部）学习现代医学。
鲁迅选择学习现代医学，是因為父亲的病故造成他对中医產生了严重怀疑。他是东北大学的第一位外国留学生，也是当时仙台唯一的中国留学生。
在仙台给鲁迅影响最大的是解剖学老师藤野严九郎。在周作人所著的《鲁迅的青年时代》和许寿裳所著的《亡友鲁迅印