时期该建筑物成為了义大利建筑师们殷切学习的对象；1435年，罗马元老院宣布对该建筑进行保护。
对万神庙真正的破坏是在16世纪中叶，当教廷準备重建圣彼得大教堂时，教宗乌尔班八世将门廊天花板上的镀金青铜板拆下来熔化，用来建造圣彼得大教堂主祭坛上的天盖，以及圣天使城堡的80门大炮。
乌尔班八世為了仿造其他中世纪时期的教堂，还下令在万神庙门廊两侧建两座鐘塔。这些作為都引起了罗马人的不满，拉丁谚语「巴波里没做的事，巴波里尼做了」由此而来。「巴波里」就是拉丁语中「野蛮人」的意思，而「巴波里尼」则是这位乌尔班八世的姓氏。
不过义大利人最终还是报了仇：在為义大利第一位国王维托里奥、埃马努埃莱二世造墓时，人们特地熔化了圣天使城堡的一尊大炮来做墓地装饰，象徵性地夺回了万神庙的青铜；而两座鐘塔也最终在1883年被拆除。
万神庙自文艺復兴时期以来就是伟人的公墓，这裡埋葬的除了维克多、埃马努埃莱二世外，还包括了义大利著名的艺术家拉斐尔和阿尼巴尔、卡拉齐等人。
万神庙今天还是义大利的一个教堂，这裡定期举行弥撒以及婚礼庆典，但同时它又是世界各国游客们竞相参