北市长马英九邀请，龙应台出任台北市首任文化局局长，期间推动本土文化及保护树木等政策措施。
2003年2月，龙应台辞官，回到写作。当年8月，赴香港，第一年在香港城市大学，其后任香港大学访问教授。
2005年7月，与一群主张社会参与的文化人及企业家共同创设龙应台文化基金会。
2008年10月，香港大学礼聘龙应台出任首届「孔梁巧玲杰出人文学者」，并於港大柏立基学院创立「龙应台写作室」。
2009年8月，《大江大海一九四九》出版，在华文世界引起巨大迴响。2011年2月，李敖出版《大江大海骗了你》，对《大江大海一九四九》的歷史观予以嘲讽与反驳。
龙应台担任文化部长期间，被记者称為龙太后、龙太、龙仙女。
2012年9月18日，龙应台表示：「与其他国家比较，台湾的部长级薪水月领15万确实是太少的，这牵涉到国家竞争力的问题」。
2012年12月12日，龙应台表示：「马英九遭丢鞋呛声，是一种霸凌」。
2013年，陈乐融批评龙应台领导下的文化部缺少具体政策，只会办论坛、对谈，称龙应台為「论坛部长」。