乔和福特顺利找到证物，却在归途中被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。而这个基地则是“帝王计划”的研究场所，致力于研究一个穆托的蛹，并设法困住它。领队芹泽得知乔曾是核电厂的工程师，听闻乔和保安的对话，以及从他身上搜出的资料，发现他和乔怀疑的核电厂事故发生原因竟然相同，是以吸收核辐射为生的怪兽穆托所造成的。
蛹内的穆托，一直以来有与外界周期性沟通的迹象，但不知作用为何。然而此时穆托发出的频率越来越频繁，芹泽只好启动电网，意图杀死穆托，然而却失败了。穆托发动电磁脉冲瘫痪了研究所内的电子设备，乔和福特也趁此机会顺利逃离。但在此时穆托破茧而出，毁坏了大半的研究所，混乱当中乔从高处摔下，送院途中不治身亡。而穆托则朝着太平洋另一端振翅而去。
发现怪兽出没的美国军方，早已在太平洋周边进行防御部署。芹泽告知军方：以穆托的破坏力，人类的武器无法与之抗衡。恰巧因穆托与外界沟通期间，亦侦测到哥斯拉苏醒的回应，芹泽大胆推断人类需借助哥斯拉的威力来消灭穆托。然而美军指挥官担心会伤及无辜，表示不予认同。
在父亲身亡后，才了解其所言属实的福特，也担心怪兽会对家人造成伤害