出矿井，就被军队的人抓住了。希达被带往要塞，在那里，一个叫穆斯卡的人给希达看一个巨大的机器人，说是从天空之城掉下来的，凭当时的科技无法令它再启动。当天晚上，希达念起祖辈所流传的寻求帮助的咒语，飞行石发出光茫，令机器人再次活起来，整个要塞变成火的海洋。
巴斯趁乱和海盗达成联盟飞入要塞救出希达。匆忙中希达丢失飞行石。而穆斯卡得到了宝石，命军队按照宝石上圣光的指引，飞向天空之城。
另一方，海盗妈妈从希达的记述中算出了天空之城的方位，带着希达的二人乘海盗飞艇全速前进！
即将到达之时，忽然前方出现龙卷风，和穆斯卡的舰艇又狭路相逢，交战中巴斯和希达的******被卷入龙卷风里。这里是被上帝抛弃的领域，自然的恐怖与众神的愤怒在这里集结，飞越浓重的黑暗。在纵横飞啸的电光中，穿过闪电的回廊，突破生与死的界限，命运之门再次敞开在少年的面前……
龙卷风的中心。正是传说中的飞岛“天空之城拉普达”！这儿是寂静的天堂，只有机器人值守的空中都市，植物和远古生物的家园。
穆斯卡抓住了海盗们，也来到了拉普达，他迫使希达和他一起进入中央控制室，启动黑石碑上的文字