拜责令刑部到湖州彻查，并严厉处置涉案的人士。
那个吴之荣对不给他行贿的朱佑明怀恨在心，诬告“朱氏原稿”即朱佑明本人。庄允城被逮捕上京，后来不堪虐待死于狱中，庄廷鑨被掘墓开棺焚骨。过了两年，也就是前一阵，皇帝又命凡作序者、校阅者及刻书、卖书、藏书者均被处死，刻字工印刷工书店老板王云蛟、陆德儒遭屠戮。
庄廷鑨之弟庄廷钺也被凌迟处死，全族获罪；
李令皙及其子李礽焘等四人、朱佑明及三个儿子和侄子先后被斩杀，妻子吞金自尽，李令皙的幼子十六岁，法司命他减供一岁，可以免死充军。少年不肯，最后一并处斩；因买书被杀者亦有不少。告发者吴之荣得到庄允城、朱佑明两家大量财产。
此案先后因此狱牵连千余人，所有被羁押的犯人在杭州虎林军营被集中宣判执行，囚犯集中在弼教坊广场上等候发落。被杀者共七十余人，妻子被发配宁古塔者几百人。《明史辑略》被销毁，
林郁榕听着，忽然心中一动，那店家说他姓王，书店老板王云蛟可不会是他家人吧，他故意指引我们到这里，或者就是为了让我们找到这本书。
周子穆点头，我在这里住了几年，也认得这家书店的老板，他和酒店那家王老板