「恐惧的羔羊们，就乖乖让我来领导吧。依靠我这个牧羊人之手......就像随着神秘吹笛人的笛声消失的孩子们。」
------------某位帅掉渣的男人的低语------------
学园都市。位于日本国东京西部的圆形城市，其陆地亦被日本包围。面积约东京都的三分之一。包含了数十所大学与数百所小学、初中及高中，总共有一千个以上的大小「研究机构」。是一座人口将近230万，八成的居民（超过一百八十万）都是学生的学校之城。
相川纯。
人类最强的承包人。这本书的主角。除此之外还是一介普通地高中生。曾和人类最恶的吟游人挑起了世界大战。虽然在本人眼里当时不过是一场父子吵架，但这场吵架将世界卷进来却是不争的事实。现在正被各大势力高度警戒着。
上条当麻。
除了拥有名为幻想杀手的力量这点之外，相当平凡的一介高中生。这个世界的主角。如果「神之右席」所言属实，现在这名少年正跟二十亿人为敌。回想起这几个月他被卷入，然后逐一解决的一连串事件，这也不无道理。
物语的主角和世界的中心。
成为纷争中心的两位少年，现在—