尚书省，负责贯彻各种政令，对中央个职能部门和地方上的州、郡、县等官府有领导、监督之权。长官为尚书令，由祢衡担任；副长官左、右仆射分别由荀彧和张昭担任。
秘书省，掌管图书秘籍的收藏与整理、负责修撰国史、验算天文历法以及记录皇帝言行之事。长官为秘书监。由刘煜的岳父蔡邕担任。
内侍省是皇宫内廷的供给侍奉机构，长官为长秋令，其担任者是林萍芝。
御史台。掌管弹劾、纠察的官员。长官为御史大夫，依然由郑泰担任。
谒者台，掌奉诏出使，慰抚劳问，并可持节按察地方，受冤狱而奏之。长官为谒者大夫，由程昱担任。
吏部为管理文职官员的机关。掌品秩铨选之制，考课黜涉之方，封授策赏之典。定籍终制之法。长官为尚书，由荀攸担任。
户部，掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。长官为尚书，由张紘担任。
礼部。掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。长官为尚书。由孔融担任。
兵部，负责考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事和武职官员的叙功、