然而，神族渐渐**，人类终于爆发起义，天帝下令镇压遭到人类顽强抵抗，天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类，女娲抗命不从，并下凡来维护人类。天帝开除女娲的神籍，黄帝被尊为新的人皇。女娲下人界后不久天帝也下凡。
不周山天柱因共工而倒，女娲以五彩石女娲石补天，用轩辕氏遗留的轩辕剑砍蓬莱巨龟四足以撑天。
北方蛮族与南方苗族战争，蛮族法师作法请神明帮忙，天帝就派了水火风雷四神和魔女旱魃前去，结果毁灭了大地，大部分人类遭到屠杀，女娲率领人类对抗神界。
女娲将五灵降服，将五大灵珠混以补天的五彩石炼制了五灵珠（只有女娲及其后人能催动灵珠的灵力，灵珠灵力一旦耗尽便会在灵气聚集之地形成新的灵珠）。
飞蓬将风灵珠赠与夕瑶。
新仙界，魔尊重楼和神将飞蓬私自开始决斗，旷日持久，重楼麾下溪风和天界追捕飞蓬的神官水碧不打不相识，一见钟情，于是临时起意，逃往人间。
共工引天河水下人界，女娲阻洪水，溪风和水碧在洪水中用天空城收容残余人族，轩辕剑在洪水后下落不明[3 。残存人类的命运得到挽救。
天帝返回天界，省思后觉得