一致的人从领导岗位上撤下来，换上思想转变了的，之后再进行军队整编。对于这些换下了的人。组织上也没有什么歧视，更没有打杀和关押。而是将他们分配到地方一些新成立的具体单位，如警察局、税务局、农业局等等，让他们去做一些具体的工作，希望他们在工作的同时慢慢思考、慢慢转化。
等军队的领导人纯洁后，接着就是部队整编，将部队分为野战部队、常规部队、守备部队。其中野战部队组建三个军，分别是林总的第一军，彭总的第二军。郭拙诚的第三军。
按照郭拙诚的建议，每个军初步暂定为三万人，编制包括坦克师、装甲步兵师、炮兵师、防空团等战斗部队，此外还有工兵团、补给团、通讯营、侦察营、军械营、医疗队、宪兵队等一切有助于提升战斗力的辅助兵种。
而三个军的侧重点有所不同，林总的第一军注重于平原、高原地带和未来的中国北部，主要装备中型和重型坦克，大口径火炮。其作战对象主要为日本，以及未来的苏军、德军、美军。
彭总的第二军注重于丘陵、山地和南方，主要装备中型和轻型坦克、水陆两用坦克，中小口径火炮，其作战对象主要是美军、英军、法军。
郭拙诚的第三军注重于海军、空军、空降