基本都有三层防护，第一层是外层的离子保护层，这不仅可以在作战是削弱定向能武器，还能避免战舰在高速航行时空间粒子，比如直接撞击战舰。一些基本粒子可以撞击战舰外壳金属原子使之发生质变，从而造成战舰受损。
第二层是能场防护层，通常只在作战的时候才会开启，可以抵御一定强度的定向能和一定动能的动能武器。
最后一层就是装甲，装甲是战舰最后一层保护壳，通常由反应装甲和本体装甲组成。反应装甲可以被命中时高速反应，将能量快传导到整块装甲，然后气化，达到消耗攻击能量爆出本体装甲的目的。本体装甲受损后，夹层中的纳米机器人管道可以自行对受损装甲进行损管作业。
黑炎设计的这些战舰都是作为母港级的巨舰，对防护的要求当然更强。而这些母舰制造出来，是更全通过超级黑洞群的超强引力场，在这方面就更不用说了。
而火力，并不是说战舰上装备少量威力超强的武器就可以了的。在宇宙中的作战，距离通常有超过十几数十光秒。三眼人这个八级文明的侦测能力已经超过光速，而武器因为能量主要使用基本粒子为能量的武器，而基本粒子通常是没有静态质量的，暂时还没有超过光速的武器出现。只要侦测到了对方的攻击