事”、“堂上佥书管事”等名义成为锦衣卫主官。例如明代权势最大的锦衣卫主官陆炳，初掌锦衣卫时官衔为“都指挥同知掌锦衣卫事”。其后他的官衔逐步升高，后军都督府都督佥事、都督同知、左都督，但本职依然是“掌锦衣卫事”，管理锦衣卫。当然也有以较低的官衔掌管锦衣卫的例子，如万历四十年十二月甲辰，骆思恭以堂上佥书管事管锦衣卫堂上事时，此时其官衔为指挥同知。
锦衣卫下辖北镇抚司（掌诏狱）、南镇抚司（本卫司法及军匠管理）、经历司（文书出纳）和”分别管理銮舆、擎盖、扇手、旌节、幡幢、班剑、斧钺、戈戟、弓矢、驯马等仪仗，领导侍卫将军、力士、军匠和为朝会驯象。锦衣卫指挥使直接下属为副手锦衣卫指挥同知、指挥佥事，以及下一级的镇抚使、千户等。
指挥使一人，正三品；
锦衣卫服饰之蟒袍
锦衣卫服饰之蟒袍
指挥同知二人，从三品；
指挥佥事二人，正四品；
镇抚使二人，从四品；
十四所千户十四人，正五品；
副千户，从五品；
百户，正六品；
试百户，从六品；