御坂美琴的脑海里浮现出木山春生的记忆，从一开始讨厌小孩，认为他们既任性、没礼貌、又喜欢恶作剧、还总是一天到晚的哭哭啼啼，根本就没有逻辑可言。但是在时间的推移，相处的时光中，她慢慢的接受了这帮被她讨厌的孩子。
本来以为自己会看着他们成长，直到出来社会，但却没有想到学园都市让自己担任他们的老师却只是想要利用他们来进行人体实验，而且实验是以失败告终。
在得知实验失败，孩子们都陷入昏迷时，那帮平时道德高尚的人不仅没有想要将他们救出，反而以实验顺利结束为理由，假装什么事情都没有发生。
这让已经和那些孩子有了浓厚感情的她完全无法接受，同时也不断的向上层提出申诉，打算利用计算能力最厉害的树形图设计者，让它再次演算实验，从中调查试验为什么失败，并找出让那些孩子苏醒的办法。
但她的每次请求都是无功而返，于是为了让那群孩子再次苏醒，像以往那样，亲切的喊自己，在阳光下奔跑。她才决定使用幻想御手，让自己的演算能力可以达到树形图设计者的境界，以此达到救活那帮孩子的目的。
“原来你所说的要调查的事情就是拯救那些孩子啊。”得知了前因后果，