珍、八宝，高悬的黄色帐幔上书满佛经。殿中香雾缭绕，灯烛辉耀，一派肃穆。殿后为藏经楼和藏珍楼，藏经楼里红漆木橱，黄铜大锁，内藏各种“钦赐”或化来的珍贵佛教经典。
其中有光绪赐虚云的三藏大乘真经；万历十四、十七、二十九年钦赐的大藏经，有慧辉和尚携标荷经四年募化的正藏三百三十函。藏经楼后侧有藏珍楼，砖墙铁窗，严实牢固。内藏光绪赐与虚云的鸾舆、华盖法器、玉龙杯、九龙袈裟；玉观音卧像，长约一尺五寸，右手支头，双脚微屈，秀丽安祥，健美的身躯中部覆盖着绒巾。还有一批古字画，如明代屈尔仄的《墨权觉云图》，长八尺，宽六尺，笔力雄浑，烟墨含润，为“镇山之宝”。可惜这些珍贵文物多已破坏，而重修后祝圣寺也未能恢复旧观。
藏经楼下为雨花台，系讲经说法处。雨花台下两廊嵌各种石碑。寺院东西两厢房有四殿(祖师殿、药王殿、大士殿、伽蓝殿)，四堂(禅堂、齐堂、客堂、云水堂)，方丈室、僧舍等；内外庭院有长廊、曲径、洞门、花圃、茶座及台楼阁。整座寺院，结构商讨，布设井然，规模宏大，环境清幽，富有浓厚的民族和宗教色彩。
祝圣寺原名迎祥寺，又名钵盂庵，始建于嘉靖年间。万历时，名士李贽两登