。当心未入正法或心生非法恶念之时，就应该祈祷上师：“大恩根本上师遍知！如今我相续生起非法之念，请您大悲加持！消除相续生起的哪怕是一刹那的恶念！”遇到任何善恶、苦乐、贤劣、贵贱等种种状况，唯有祈祷上师。
祈祷指的是在诸佛菩萨及上师面前表白或祈请赐予自己所欲求的一切。当生起恶念时，祈请大恩根本上师赐予加持，消除此恶念；当生起善念时，此是大恩根本上师您的加持。口中念诵祈祷文，心中随文作意，这就是祈祷。
我们祈祷上师时应该认识到：上师为九宝之尊、三宝之总集。上师身为僧、语为法、意为佛。一切所作皆为上师之大悲加持。白天观想上师在梵顶，夜间观想上师在心间，走路观想上师在右肩，享用食物时观想上师在喉间。此为祈祷上师的殊胜窍诀，希望大家不舍此窍诀并作实修，一生一世便能证得金刚持的果位。
在前方虚空中观想具有十万花瓣的莲花中，有一日月垫，垫上坐着自己的根本上师，面相为上师，但本体与莲花生大师、龙萨娘波、阿弥陀佛等无二无别，具大悲、智慧、救度一切众生之力，这一切都要现量出现在自己前方。祈祷上师加持融入自相续，祈祷上师加持自心行于法，法行于正道，消除行道惑，幻化显智