次第行者在修行过程中，祈祷上师不仅能获得加持，且能如依止本尊般，获得共与不共悉地，亦如供奉空行护法般，遣除一切修行障碍。如至尊让热日巴曾说：“若不祈祷上师尊，欲求无分别智慧，如朝北洞中待日，无有境心融合时。”因此，修行者应至心祈祷上师加持。
自己于座上修持上师瑜伽时，每座都要以一心祈祷上师加持为因缘，祈求上师赐予四灌顶。发自内心深处一心一意地祈祷上师，念诵上师的祈祷文，甚至可以大声说出来：“上师遍知！请您加持我这个愚痴的弟子，我现在难以安住，请您加持我断除昏沉掉举……”座下时，无论于日常生活还是梦中、中阴等都要祈祷上师加持自己每一刹那的心念、行持都在正法之上，若有偏邪，即刻认识并调伏自心。平时将上师观想于自己的梵穴之上；行走时将上师观想于自己的右肩作转绕；进餐时将上师观想在自己喉间作供养；入睡时将上师观想在自己的心间……如此时刻祈祷上师。
上述教言中所提到的四种灌顶，在上师瑜珈的传法过程中，都已经得到并且牢记于心。而三个字，却是藏传佛教的总持：嗡啊吽。这三个字的藏语字母，必须牢记于心，它的形象，在观想中有千变万化，但始终是打开窍诀的秘密开关。