（今日波兰南部）也暂时成为哈布斯堡皇朝的领地。王朝分家1556年，查理五世自觉年老，因此决定将西班牙王位和奥地利大公分别让与他的两位代理人，并让他们各自的子孙世袭他们自己的王位，不得互传。自此，哈布斯堡王朝正式分为奥地利分支和西班牙分支，查理五世时期一人统领王朝领地的局面也不再出现。奥地利哈布斯堡皇朝1556年，查理五世将奥地利大公之位让与其弟匈牙利及波希米亚国王斐迪南一世，并立斐迪南为神圣罗马帝位的继承人。但根据查理的遗嘱，斐迪南及其子裔丧失了继承为西班牙国王的权利。此举使斐迪南成为了奥地利哈布斯堡皇朝的首位君主。自此，奥地利哈布斯堡皇朝统治奥地利，匈牙利及波希米亚直至1740年，历10代君主，这二百多年亦是欧洲历史上战争最多的时期。西班牙哈布斯堡王朝1504年卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉病逝。由于，她与阿拉贡国王斐迪南二世所生的儿子都不幸夭折，在伊莎贝拉身故以后，女王储胡安娜继承卡斯蒂利亚王位。神圣罗马皇帝马西米连一世的儿子菲利浦以胡安娜的王夫的身分，和岳父费迪南一起监国。1516年，费迪南病逝后，胡安娜和菲利浦的儿子，西班牙兼奥地利王子查理（西班牙文名：卡洛斯）继承西班牙（卡斯蒂利亚和
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