名义，下令内河水军沿长江溯流而上接替第二、三舰队的防务。
赵昺同时诏令兵部，将两支舰队改编为南海和东海水军，分别以广州和福州为母港，并分设水警区，负责两海域的防务。在保卫海疆的同时，肩负维护贸易水道，打击海盗和走私的任务，为大宋开展海上贸易创造良好的外部环境，适当的时候还会以威慑力量出现，开辟新的航路和贸易港。
而第一舰队则改称北方舰队，驻防昆山港，负责防守长江口、抵御来自北方的海上威胁，还担负着增援长江防线的任务。御前水军则驻防杭州湾，保护京畿水上安全，并担任战略预备队，护送商队北上的任务。这样一来就实现了国防和保护两条海贸航道两不误的目的。
赵昺是苦了点儿，可终归是有钱有权好办事。采买办拿着兵部的文书很快接收了泊在各港的船只，经过点验其中三千石以上的大船共计五百余艘，两千石的千余艘，五百石的小船四百余艘。其中堪用的在八成左右，新船在五成以上，余下的经过修理后也尚可投入使用。
正因为现在海贸基本停顿，大批的水手闲着在家，招募的工作也很顺利，而他们的开出的条件也十分诱人。水手上船后立刻支付三分之一的薪酬，离港前再支付三分之一的薪酬