军制皆已失效，虽然恢复了殿前禁军和侍卫亲军的番号，可也是面目全非亟待重建。
选择何种方式比较合适，当下朝中也有争论，不过在这弹丸之地上根本没有前线和后方之分，哪种方式都是妄谈。不过那也不能说问题不存在，一旦起复国之役，不会选择一个作战方向，尤其是在收复部分地盘后也要分兵驻守，从而就有可能形成新的军阀割据现象，但这也是当下最合理和有效的作战方式。
不过这么做同样会引起朝廷内部的争执，文天祥在行朝初立之时曾前往剑南开府独当一面，当他打出一片天地的时候，其实就已经埋下日后数次被拒回朝的祸根。其在剑南积蓄了力量，搞得声势浩大，树立了威望，朝中的人就开始猜忌文天祥另有图谋，担心其归朝后篡权把持朝政，最后终于把他推上了绝路。所以赵昺觉着以这种方式重建军制反对的声音会很大，且后期收拾起来也十分麻烦，说不得也会重现斩杀功臣的一幕。
基于现实和作战的需要，赵昺觉得干脆将团团伙伙全部打散，什么殿前禁军、侍卫亲军整个指挥系统全部撤销，将全军编成相当于现在的军或师为基础的独立单位。平时各自管理，各兵种进行训练，同时加强协同训练，并由枢密院组织各军联合演练。战时则根据任