兵部设立步军司、水军司、骑军司和炮军司和兵部司、辎重司、兵役司共七个主要部门。将处于从属地位的水军提高到军种地位，而现在火器使用还处于初级阶段，可以说仍未脱离冷兵器阶段，为了尽快推广火器的使用和提高训练水平，他觉得有必要将其从兵种提高到军种的地位。
步、水、骑、炮各司的主要职责是分管所属军种的管理和训练，制定军种操典和训练计划、考核标准；兵部司主管军队的人事、组织工作，制定相关律例、惩处违法、违纪军兵；辎重司则主管军工生产，粮秣、甲仗、军马的调集和分配，军医院和驿站的管理；兵役司则是主管兵丁的征募和新兵训练，及退役军兵的安置、伤亡兵丁的抚恤。
在官员设置上，赵昺仍以兵部尚书为官，设左、右侍郎协助主官分管七司，并根据情况在司下设房、案等下属机构，任命相应的官员。尚书不用问仍是士人担任，但是主管军种各司则由有军职者担任，而主管侍郎也必须是军将出身，其它事关后勤的三司则根据情况由士人或是武人担任。
对枢密院的改制其实最让赵昺头疼，这个部门长久以来在朝中占据着重要的地位。其与中书省有东、西二府之称，“掌兵籍，虎符”，若得皇帝的批准，有调动兵马之权。枢密