。在协同6军登6时，通常担任登6先遣队，先突击上岸，保障后续梯队登6；也可配合6军继续担负海岸防御任务。
手里有一支现成的力量，赵昺当然不能放过。因此战兵脱离舰船部队，独立成军毫无疑问的势在必行。由此下船的战兵数量将有两万人左右，正好可以编成两个师，但他打算仍将6战队划归水军司管理，算是其一个分支力量，毕竟他们还需依托水军完成跨海登6及需要其火力支援，而编制暂时先参照步军进行设置。
解决了水军划分的问题，赵昺面临的是如何对各种战船进行编组。当下琼州水军战船按照吨位大小划分，有百石以下的小船，也有万石的大舟，跨度很大。其中最多的是介于千石至两千石之间的战船最多，其次是五百石至千石的舟船，多数都是缴获的战船或商船通过改造入列，标准也难以统一。
如果按照作战性能划分，既有用于突击作战的龟船，也有专门用于火力打击的火箭船和炮船，还有综合性的大、中型战船及辎重船、运输船、医疗船。另外就是侦察和巡海用的哨船，转运人员的小艇等等专用船只，此外还有自己的巨舟，当然这只是赵昺自己的分法。
这个时代还有名称各异的战船，作战时位于最前列的战船叫“先登”