以建立，无法有效征调民夫随军行动，导致军队运输粮秣、物资等方面发生诸多困难。使得缴获的物资只能就地销毁，或是任由百姓搬走，难以转运回琼。
所以赵昺在此次军改中专门成立主管后勤的辎重军司，以其建立起平时和战事完善的后勤保障系统，使军队在任何条件下都能获得基本的生活、训练和作战物资的补给。他甚至想着采用商业化运作，将一些工作转包给一些有实力和能力的商家。
除了这些还有一个不能忽视，也无法忽视的问题。宋军的一般士兵多为农家子弟，他们温顺、有纪律、能吃苦耐劳、服从指挥，可塑性很强，只要经过严格的训练和适当的激励机制很快就能成为一个合格的士兵，问题最大的反倒是军官。
宋军的从前的军官补充和选拔系统业已随着败亡而消失殆尽，就拿自己一手组建的帅府军来说，基层军官都是以信任为基础，而非才能予以任命的，他们很多人前几天还是拿着锄头种地的村民，或是乡绅、地主，可当他们拿起刀枪之后变成了领兵上阵的军将。
很多人都是在胫骨连番的整训和短期的培训班才掌握了基本的军事技能和组织作战的能力，诚然其中有些人具有一定的军事基础，或领兵的天赋，更多的只能在不断的实战