一系的宗王的反叛。最高汗位转到拖雷系后，继承汗位的长子蒙哥暴卒，忽必烈和阿里不哥争夺汗位。
阿里不哥作为幼子，已成为蒙古汗国本土的实际统治者。他准备召开库里尔泰，以确保自己被举为大汗。而忽必则烈抢先行动，率军北上，在开平自称大汗。阿里不哥则在和林称大汗。一国不容二主，于是，忽必烈和阿里不哥兄弟大开杀戒。经过多年鏖战，阿里不哥败北向忽必烈投降。忽必烈为了笼络人心，没有杀他，而是作为俘虏囚禁至死。
另外作为窝阔台汗国的实际创立者海都，以成吉思 汗曾经说出，只要窝阔台有一个吃奶的后代，都比其他人优先继承，因此他不断反忽必烈，积极谋求自立为大汗。他为人聪明能干而狡诈，逐渐纠集部众，以海押立为基地，势力日盛，成为窝阔台系诸王的首领。
至元六年，海都同八剌等察合台后王、术赤后王于答剌速河畔召开忽里台，众推海都为盟主，一致对抗忽必烈和伊利汗阿八哈，誓约保持游牧生活与蒙古习俗。从此察合台汗国和窝阔台汗国脱离了大蒙古国皇帝的直接控制，海都觊觎大汗之位，助阿里不哥作乱于前，联合诸汗国武力对抗忽必烈于后，双方不断发生战争。元军虽始终占上风，却无法彻底击败海都。