守军万户府、元帅府等，都是行省的下属军府。在远离行省中心的地区或少数民族聚居区，设立宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县。行省有政令则布于下，郡县有请则为达于行省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府。
宣慰司都元帅府下一般设有固定军府，掌管部分军队。各行省的军队调发，需经枢密院批准传旨。行省内的镇戍和屯田，也要由行省官员和枢密院协商确定。当某一地区发生战乱，先由枢密院传旨所在行省平章，调派军队镇压，如不奏效，则传命附近行省发军会剿。有时，也在战事颇繁的地区设立行枢密院，临时提调从各省调来的军队，战事平复后则撤销。
黄河以南地区，蒙元元以宋境为新拓疆域，江南又系当时经济中心，统军大帅伯颜等人审地理之宜，据军事布防需要，拟定了六十三处屯兵所。然后由此分兵，四出镇守。至元二十二年，元廷将江淮、江西两行省所辖三十七个万户厘分为上中下三等，分地驻守，而杭州就占据了四个万户所。
当然这四个万户所并非都驻扎在杭州，赵昺以为杭州万户府就像现代的大军区司令部，统管江浙行省的所有驻军，而军区总部驻地就在杭州。按照蒙元府设万户，州设千户，县设百户的驻兵原则，其所属的各个万户所