。院由知院、同知、副枢、佥院、同佥及院判、参议、经历、都事等职官组成。另有负责军法狱讼的断事官。枢密院直隶皇帝，其职责是“掌天下兵甲机密之务。凡宫禁宿卫、边庭军翼、征讨戍守、简阅差遣、举功转官、节制调度，无不由之”。如遇地方有事需调军出征，则于地方设行枢密院，事已则罢。
由于元朝奉行蒙古至上政策，所以军籍机密唯一二蒙古长官知晓，汉人等不得查看。元朝中枢另有兵部。与枢密院相较，兵部职权相对较小，其职掌主要是“掌天下郡邑邮驿屯牧之政令。凡城池废置之故，山川险易之图，兵站屯田之籍，远方归化之人，官私畜牧之地，驼马、牛羊、鹰隼、羽毛、皮革之征，驿乘、邮运、祗应、公廨、皂隶之制，悉以任之”，职同军需后勤部门。
元朝的军事戍防，大体可分为中央宿卫制和地方镇戍制两大类。入元以前，蒙古大汗的宿卫是由怯薛担任的。怯薛制度起源于游牧贵族的那可儿（伴当）、亲军。与汉地中央禁军不同，怯薛在草原游牧社会中，不仅是大汗的亲卫，还具皇室家务干部、质子营、贵族子弟训练学校等性质。蒙古汗国军政官员大多由怯薛出任，因而怯薛又有汗国中央政府的功能。
作为皇权的干城，侍卫亲军受枢密院