自招到大批新附军人后，元廷即着手将其原有的组织系统打散，分编到元军的中央侍卫亲军和地方镇戌军队之中；或以蒙古、汉人、南人军官相参，建立新的军府，管领新附军人。每当有战事发生，总是首先调发各军中的新附军人出征，不参战的新军人则要从事屯田和工役造作。经过多年的战争消耗和自然减员，新附军数量日益减少，数量可观的新附军便被元廷的各种军事组织和纷繁的战事里逐渐消耗掉了。
北方是蒙古的心腹要地，成为蒙古军、探马赤军的重点戍防地区。原来在江北立足的汉军，宋亡之后大多南下分驻江南各地屯驻，只有少数军队留在江北。淮河以南主要由汉军、新附军屯戍，并配置部分蒙古军和探马赤军监视。边境地区由分封或出镇其地的蒙古宗王所部和归附蒙古部族军配合防守，以北控南、压南，必要时可以掩护向草原撤退。同时也在江南陆续建立万户府、元帅府等统军机构，属下军队以汉军为主体，参入新附军人和部分色目军人。
元军的这种部署方式凸显出忽必烈等人的谋虑，表现了内外相维、层层控扼的特征。大都、上都和腹里地区，驻扎中央宿卫军队，作为军事控制的核心。北面草原上的蒙古军和驻守在黄河南北、陕川要地的探马赤军，合成一