办公区。后边则是学生的宿舍和休息区，则是由过去的营房改建而成，但是也增加了亭台楼阁，加种了花草树木。
按照赵昺的设想，整个区域基本划分成三个区域，分成甲乙丙叁斋。甲斋作为书院的主体，学生主要来自各地方府学和州学选送的优秀学子，按照‘三舍法’进行管理和选拔，优秀者同样可以免科举试入仕；乙斋则是通过科举取得进士身份者，他们要在这里经过一年的修习，根据分科学习如何做官，经过考试后方能出仕。不合格者再度学习一年后仍不合格，则会被取消入仕资格，只保留进士的身份。
而丙斋则是蒙荫获得官身的官二代们，他们若是想出仕为官，也必须在这里经过两年的学习，经考试合格后方能做官。若是屡考不过关，那也只剩下个荣誉称号了，一辈子别想当官了。另外书院还可以承担些短期培训，例如由京官转为地方官，或是地方官入京，及官员由武转资为文官，都要经过培训，使他们能够了解所在地的风土人情和应注意的事项等等，不至于到了地方两眼一抹黑，什么都不知道。
既然国子监下属武学，那么自然也不能或缺。赵昺以在琼州的新军训练营和水军学堂为基础重组为大宋武学，作为国家的最高武装力量的学府。院址选择在凤凰山