忽必烈夺取汗位时，视其为心腹大患，“使乘驿矫诏诛之”。但夺取汗位后，元世祖又任命杀密力火者立功的黑马之子元振为成都经略使总管万户，派重兵驻守。中统四年，敕李平阳在西川的“各翼军在青居山者悉还成都。”
在忽必烈发动全面灭宋战争之前，成都是宋元双方争夺的重要城池。中统年问，宋军一度攻人成都，因四川行院阿脱与张万家奴合力防卫才得以保全。至元十年，宋将咎万寿攻打成都。当时成都戍军随大将也速带儿正攻打建都，一时防卫空虚。元廷不得不于“京兆等路签新军为援”。灭宋后元廷依旧重视成都的防卫，至元二十三年，分四川镇戍军万人于成都屯田。成都戍军除完成成都防卫任务外，还多次参与平定西南动乱。
重庆：至元十四年，西川行院不花率军围攻重庆，宋重庆都统赵安降。宋守臣张珏顺江东下逃至涪州后亦降。元廷也很重视重庆防卫，先后设宣慰司、行院、行省等。至元年间，皇孙铁木儿不花一度驻兵重庆。至元二十四年，怀远大将军、夔路万户石抹狗狗戍军重庆。
在宋廷收复江南后，重庆再次被元军重视起来，这里进沿江而下威胁江南，退可阻挡宋军溯江而上攻掠川蜀，威胁云南和陕甘地区。于是迁四川行省到重