侍卫亲军的官兵还要面临各级将领们的克扣，这部分就是违法的，可也最是根深蒂固的，办法还很多。比如在将领在本部队放债，直接扣发军饷还本付息，还有假冒填补军械而扣士兵工资来尽义务，还有各种迎来送往和办公费用摊派到士兵军饷里克扣，这种手法可谓与彼时的大宋如出一辙。
此外还有更奇葩的方法。当兵就要搞军事训练，这是谁都知道的，而这部分钱也是应当由国家支付的。但是军官们却要将日常训练中所耗费的箭矢钱，从士兵的军饷中扣除。在这种制度下，士兵怎么愿意训练？怎么敢训练？多放几箭，半个月饭钱没了。
而对于侍卫亲军的军事训练，作为征战主力，为保证战斗力，初时朝廷自上而下还是十分重视的，专门订立训练制度，勤加训练。除了各部单独训练之外，还要集中操练，参加大汗每年举行的围猎。可随着战事的减少转入屯田，军官们当然希望减少训练，以将更多的时间用于生产，以增加产量。
上面不重视，下边便愈加敷衍，所演阵图，则年年皆循旧式，毫无改进，相沿旧样，平时校阅，虽属可观，临敌打仗，竟无实用。骑射这些看家本领也为图省力，已不奋力训练，在各营演试之时，明知所习非所用，不免视同具文，饰观塞责。