统辖的宋军内河水师分舰队，驻扎在江口的禁军第一水师及其下属的陆战旅只是负责协防长江防线，主要任务还是防范敌军从海上进攻临安和保护海上航线。
任谁都知道只凭只几万禁军是无法顾及到漫长的长江防线，所以沿江州府也组建了厢军，负责沿江渡口和要地的防御。由于他们的战斗力和任务所限，多数分散驻守在各地，更多的起到预警和维护治安的作用，充其量只能对抗小规模敌军的袭扰，无力迎击大规模的入侵。但在战时也归由江东置司调度和指挥，配合禁军作战。
江东的腹里地区则是由御前护军防御，以玉昔帖木儿所知这也是宋军最有战斗力的军队，由南朝小皇帝直接指挥，几经扩建已有八个旅和一支水军，估计有近十万之众。分别驻守在湖州、嘉兴、临安、钱塘和绍兴及杭州湾等周边要地，拱卫着都城。
而自开战以来，江东宋军第一军、常州军、润州军、平江军及第二军二师、三师的军号都先后出现在扬州，且御前护军的亲卫旅、一旅、四旅和五旅、炮兵旅的军号也皆是第一批渡江参战，水军第一师则在外海护航。如此一来江东宋军的主力云集扬州城下，留守的主力只有御前护军的二旅和三旅，及驻扎与绍兴的禁军第五军，以这不足五万的兵力防守