，宫中失火，奉天门及三大殿均被焚毁，《永乐大典》正本差点被毁。受此虚惊，嘉靖皇帝决定组织人力抄写一本副本。
重录之初，大臣徐阶认为抄录上万册大典，工程浩大，不必拘泥原来的式样和书法。但经深入翻检《大典》，发现如果版式一变，上面的大小字和图形都要发生变化，不如照原样摹写方便，最后决定重录全仿永乐正本，不加任何改变。
于是在嘉靖四十一年，也就是1562年，嘉靖皇帝召选书写、绘画生员109人，正式抄绘，耗时六年，于隆庆元年四月完工，被称为“嘉靖副本”。
正本后来不知所踪，有人说《永乐大典》的正本在万历年间就毁于大火，也有人说是《永乐大典》正本随着明神宗万历皇帝殉葬了。结果在上世纪六十年代定陵打开之后，里面却没有发现《永乐大典》正本的踪影。
很显然，《永乐大典》正本并没有随着万历皇帝殉葬。
但正本确实是消失的无影无踪。
即便是嘉靖副本，在流传到清代的时候，一开始也是不受重视，一直到雍乾年间，《永乐大典》的嘉靖副本才被重视起来，乾隆年间编撰的《四库全书》更是借鉴了很多《永乐大典》副本的内容。
只不过