并没有跟曹化淳合作，而是积极往东林党靠，因为他自认还是东林党人。曹化淳见恩人如此，不生气也不勉强，主动与他保持了距离。
因为这段黑历史，东林党人不是很待见邱秉真，始终怀疑他是曹化淳的人。加上后年就要京察，东林党想尽快布局，将吏部各主要官员全部替换成最可靠的人。于是东林大佬周延儒亲自找邱秉真“促膝谈心”，先是夸了他一番，然后委婉地表示要他告病辞官，去东林书院拿厚俸养老。
邱秉真一下子就怒了。老子升上来的时候你们没帮一点忙，这两年还兢兢业业帮你们办事，现在你们一句“大局为重”就要我辞官？
顿有热脸贴冷屁股之感，不但怒，还感觉到自己的人格收到了侮辱。
于是，他当晚就给曹化淳修书一封，表示东林党人厚颜无耻，党争无度，骂着骂着顺便把他知道的东林党结党贪腐的事一股脑抖了出来，最后表示他悔不当初，早应看透东林的。字里行间的意思，自然是要曹化淳帮自己一把了。
曹化淳是个懂感恩的人，虽然邱秉真升上来之后没鸟自己，但他还是决定要帮恩公这个忙。
他知道崇祯已经对东林大为不满了，于是把这封信给了崇祯，目的是效仿温体仁，让崇祯知