崇祯五年到来，当南方还处在春节的莺歌燕舞之中的时候，皇上和朝廷已经为如何处理登州府城被叛军攻破的事宜操心了。
登州府城被攻破之后，登州总兵张大可自杀，蓬莱县令、登州知府、登州参议等等官员悉数被杀，军中的总兵和参将一大批的军官，同样被斩杀，唯一例外的就是登莱巡抚孙元化。
城破之后，孙元化选择自杀，无奈他是天主教徒，天主教义要求徒众爱惜身体不能自残，所以孙元化没有真正自杀的决心，他被救过来了，已经自封为元帅的孔友德，邀请孙元化入伙，被孙元化严词拒绝。
孔友德倒是没有杀死孙元化，而是释放了孙元化，让其离开登州。
孙元化回到京城，马上被关押到大牢之中，尽管他的恩师徐光启想方设法的营救，但收效甚微，孙元化最终还是被斩杀。
朝廷内部，关于是战是和的争论异常的激烈，一时间无法定论，对于山东巡抚余大成和登莱巡抚孙元化的处置倒是很快，山东巡抚余大成好不到哪里去，同样被关进大牢之中。
孔友德倒是没有闲着。
攻破登州府城，孔友德的力量大幅度的增强，登州府城内的军士，除开战死的，其余全部被收编，这让孔友德