是从伯父光海君李珲的手里抢来的，从一个普通的世子到登上王位并得到明朝的承认，这中间的过程曲折复杂。
当时作为王世子的光海君想尽一切办法排挤迫害可能影响自己继承王位的人，仁祖的父亲定远君李琈就是被排挤的对象之一，他在塞门洞的家也被认为有王气而被光海君夺去建造庆德宫，全家人都在光海君的淫威下忍辱偷生。后来，光海君因为外交上拒绝援助明朝、秘密传书后金的行为导致众叛亲离，武人李曙及申景禛（李倧表舅）等人决定发动政变，推翻光海君。
他们于天启三年（1623年）率领长湍等地带来的1000多名士兵攻入昌德宫，并在宫中纵火，光海君父子仓促出逃，被当场抓住。仁祖带着被关在轿子里的光海君去求见仁穆大妃（注4）启禀“反正”之意，次日先以仁穆大妃名义发表教书，废黜光海君，然后仁祖在庆运宫接受百官朝贺，颁布即位教书，大赦境内。这场政变史称“仁祖反正”。
“反正”之后，仁祖派使者出使明朝，请求天启帝册封他为朝鲜国王。但是因为政变的因素，明朝廷却认定其为篡位，延宕不予册封。拖延了一段时间后，最后还是在朝鲜使者的恳求和毛文龙的帮助下，明朝从“联鲜制奴”的战略考虑出发，勉强决定