yfus)支持，马赛重回顶级联赛行列。1999年马赛晋身欧洲联盟杯决赛，以0-3负于帕尔玛。
2004年马赛再次晋身欧洲联盟杯决赛，途中分别将利物浦、国际米兰及纽卡斯尔联淘汰出局，主将迪迪埃·德罗巴表现出色，但决赛仍以0-2负给出炉西甲冠军巴伦西亚，再次与锦标擦身而过。而迪迪埃·德罗巴更以2450万英镑转投切尔西。
在2005年夏天，马赛胜出国际托托杯，决赛两回合累计5-3击败西班牙俱乐部拉科鲁尼亚，再获欧洲联盟杯的参赛权。然而，这却影响了马赛在法甲的表现，实力与成绩落后于里昂、摩纳哥及巴黎圣日耳曼等球队，夺冠的机会越来越渺茫。直至之后的一个赛季，马赛在季初的表现突出，在积分榜上更直迫里昂，最终取得联赛亚军，成功于2007/08赛季重返欧洲冠军杯赛场。
2006年1月20日马赛前队员埃德列(Jean-JacquesEydelie)透露在慕尼黑欧洲冠军杯决赛前，马赛球员曾集体注射不明的药物，只有德国前锋鲁迪·沃勒尔拒绝注射。
马赛在2009/10赛季夺取法国联赛杯冠军，成为俱乐部十七年来首个重要赛事的锦标。同一个赛季，马赛在第36周的赛事中