内舰总共有十层。
最顶层跟最下层是机甲部队的驻扎地，以及内舰独立引擎都集中在这两层。
要机甲部队出动的状况时，穿戴好机甲的机甲战士们可以通过连接外层的通道直接进入巨舰外层，或是乘坐登陆舰，或是直接进入到太空中进行战斗。
第二层跟第三层则是科学实验室跟科学仓库，这里也是随舰科学家们常驻的地方，即便是在漫长的宇宙航行中，各种研发也不会停下来。尤其是在获得了许多外星样本之后，统一会被送到这里做各种分析。而这两层也储备着几乎地球上所有植物的种子，以及各种动物的基因图谱。除了日常的研发之外，这里也承担着改造可能适宜人类生存星球的任务。
第四层跟第五层是巨舰上的农业基地，按照虚拟图片上的图解，星空集团已经掌握了太空种植跟畜牧技术，这两层的农场品将通过设立在第五层上的加工厂转换成太空的标准食物超级营养丸。
六层、七层则是人类的主要生活区了，十万非战斗人员以及舰艇军官没有任务时就生活在这里。这两层有着几乎完整的可循环生态系统。并设有医院、超市远征军政府等等日常生活中一切可以想象到的机构。
第八层则是整艘舰艇最重要的核心
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