管理局的保密资料，于是前去米德芝尔达调查，而奈叶则守护地球。
再过了这一段剧情之后，之后的剧情就是奈叶在地球发现了一些奇怪的蛛丝马迹，然后进行调查。
在这个时候，故事才和动画的剧情接在了一起。
奈叶一个人压制了对方一个队伍之后，敌人退走，但奈叶也打听到，对方似乎并不知道怪物的事情，他们是冲着魔法少女来的。
两件事情碰一块，奈叶也有些头痛，但幸好菲特回来了。
菲特表示，资料很难搞，自己潜入的时候查到了一点，但被发现了，所以只好退走避风头。
但是可以确定的是，那个怪物肯定是什么不得了的东西。
而在这之后，游戏就进入了探索模式。
和第一代不同，二代的探索模式，是直接出现了城市的3d鸟瞰图——在一代里面，还是二维平面图。
不过这个鸟瞰图并不能缩小，缩小的时候是一个穿越样式的过场动画，然后过渡到场景界面，整个画面比起一代来说，要强大很多了。
在二代的故事里面，奈叶和菲特打了个同居小屋……呸，是魔法工房。
在工房之中，玩家可以对奈叶的防护服进行个