后，大刀阔斧，革除弊政，他提拔原通政使司左通政巡抚登莱操练水师，又命袁崇焕建造营房，李秉诚训练火器装备，鹿善继、王则古处理军需物资，沈棨、杜应芳维修甲仗，孙元化修筑炮台，宋献、程仑购买军马，万有孚采伐树木，祖大寿辅助金冠守觉华岛，陈谏助赵率教守前屯，鲁之甲拯救难民，杨应乾招募辽人编制成军队。
他率领辽东军民以堡垒慢慢推进，先后收复和修筑了大城九座，堡垒四十余座，招募和训练辽东新军十一万，收复失地四百余里，屯田五千多顷，安置战争难民近百万，一条坚固的关宁锦防线在他的努力下慢慢成型，大明又冲出了山海关，开始不断收复辽东失地了。
建奴骑兵最怕的就是城池和堡垒，孙承宗这种堡垒推进的方法简直就是建奴的克星，努尔哈赤被逼的没一点办法，只能后撤七百余里，退守辽河一线。