在出发之前，周淮安已经部分调整和明确了太平军的军事体系。主要是将岭外湖南、荆南境内的五万多人马，岭內的近三万人马，以及安南的七八千驻留部队。相对杂驳的从属关系，给重新归列成为一到八的主战军序和戍防、屯守的二三线序列。
大致由老营、新营、暂编营和补充营，驻队营等等，九十多个不同用途和职能所属的营头构成。其中除了只有训练任务的补充营和承当部分生产任务的驻队营以外，其他的老营代表得是野战精锐，新营代表的是正规战兵，暂编营则是用来吸收和改造兼并的别部义军所属。
按照规划，第一到八军序是作为具体作战和临阵指挥的编制。约莫配属六到八个不同职能的营头组成；每个军别设一个领军兵马使，以郎将衔领之，再设左右副将佐之。各领若干个（营）都尉和别将，（团）校尉、（旅）旅帅、（队）队正、（火）火长和（旗手）五头。
而在编列剩下的二三线驻队团和屯所巡护队，工程营造编制；则被按照区域分列为十几个级别次一等的重点防戍区，称之为守备使以都尉衔领之。作为二线的后方缓冲和对方镇压、肃清的重心地带。
至于日常的內务管理、后勤补给、装备维护和训练，人事考核、军纪纠