谈到清党，几个战区和四航司、亚太海军两天的清党结果也报来了，一共有七万七千二百人五十四名国民党员退党，有三十三名国民党员选择了退役，有七百九十三人因不愿意公开政治身份而退役，有六百五十八名共产党员经过特别登记渠道与共产党脱离了关系，其他党派宣布脱党或退役的有二十六名。
根据各战区颁布的命令，自一月二十九日十八点之后，凡发现有发现隐匿政治身份和军人从事政党活动者，一律交由军法审判，对颠覆军队、鼓动或组织哗变、为政治组织提供情报者，最重可以处以极刑。
从程序上，军队清党可以告一段落了，但由此而产生的波及还在蔓延，有的地方和军队的国民党党务机构，甚至要求每个国民党员都要明确表明态度，并计划将签名提交给国民党中委会，有的地方还发生了国民党和三青团组织的讨伐谢昌云的游行。
国民党中央一方面下达了不要激化局势的通知，一方面决定于一月三十一日在武汉召开特别中央执委会。
而共产党也于二十九日向下发了秘密文件，向党内高级干部说明以一千多名地下党员的暴露，换取了百万军队脱离国民党控制，是中央做出的一个重大战略决策，是历年统战工作取得的最大的胜利。