宣政院掌握外，还设有中政院、道教所和枢密院分别掌管有关案件。
中政院是执掌宫廷事务的机关，负责审理内廷官吏的案件。
道教所是执掌道教事务的机关，负责审理与道教有关的案件。
枢密院是执掌军事大权的机关，负责审理重大军事案件和校尉军官案件。
可见，元代的司法管辖，不仅实行地区管辖，也根据民族、身份、宗教的不同，实行特别的专门的管辖。
因此看来，元代的蒙古族贵族实行野蛮与落后的统治，根本谈不上法制秩序。
虽然元律也规定了回避、上诉、量刑等制度，但实际上司法官员根本不去执行，形同虚设。
元代是中国历史上少有的任意不任法的朝代。
正如元代著名戏剧家关汉卿在其名著《窦娥冤》中通过剧中人所说的：“官吏无心正法，百姓有口难言”，“衙门自古向南开，就中无个不冤哉！”这是元朝司法昏暗的真实写照。
不过有一点需要说明的是，元朝由于经济关系的发展和各民族的融合，民事纠纷日益增多，民事诉讼较宋朝有新的发展。
其一是出现了代理制度，主要是在田宅、婚姻、继承等案件中实行，这也算